Естественная флора и фауна Крымского полуострова насчитывает около 2300 видов. Оберегать и развивать их – главная задача заповедников и заказников.

Охотничьи угодья русской императорской фамилии и великих князей, охраняемые с 1870 года, стали основой первого заповедника (нынешний Крымский природный заповедник), созданного еще в 1923 году.

В границах курорта располагается также Ялтинский заповедник, под опекой которого сосновые боры на крутых склонах и вечнозеленые леса из древовидного можжевельника и земляничника.

Непосредственно с Большой Ялтой граничат участки заповедных зон Никитской яйлы и Гурзуфского седла. Славится своими лесами из древовидного можжевельника и пушистого дуба Мыс Мартьян (Никита). Для разработки методов спасения можжевелово-дубовых лесов там организован настоящий экологический стационар.

С целью восстановления численности видов, внесенных в Международную Красную книгу или Красную книгу Украины на территории ЮБК образовано несколько заказников: Аю-даг, Большой каньон Крыма, Мыс Айя, где под охраной находится все, включая минералы и насекомых.

Знамениты на весь мир и природные комплексы искусственного происхождения: Никитский ботанический сад, Харакский, Ливадийский, Массандровский и другие парки-памятники, а также памятники природы: деревья-исполины, деревья-долгожители, вроде знаменитой сосны-самолета на Ай-Петри и тысячелетних тиссов ягодных.